Quando a passagem de barcos brasileiros e paraguaios pelo Rio Paraguai foi liberada, e devido à importância comercial que passou a ter, a localidade foi elevada a distrito em 1838 e, em 1850, a município. Durante a Guerra do Paraguai (1864 a 1870), a freguesia de Santa Cruz de Corumbá – nome que recebeu na emancipação – foi palco de uma das principais batalhas do conflito, sendo ocupada e destruída por tropas de Solano Lopez em 1865. A partir de 1870, ao ser retomada pelo tenente-coronel Antônio Maria Coelho, a cidade começou a ser reconstruída. Na mesma época, imigrantes europeus e de outros países sul-americanos chegaram, impulsionando o desenvolvimento local. Como resultado, Corumbá foi o terceiro maior porto da América Latina até 1930.

Até a década de 1950, os rios Paraguai, Paraná e Prata eram os únicos meios de integração da região. Por isso, a cidade vivia sob a influência dos países da Bacia do Prata, dos quais herdou grande parte dos seus costumes, hábitos e linguagem. Isso ocorreu naturalmente devido à sua localização fronteiriça e ao isolamento físico que sofria na época. A chegada da Estrada de Ferro Noroeste do Brasil no início do século XX, porém, deslocou o eixo comercial do sul do Estado (então Mato Grosso) para Campo Grande. Os grandes comerciantes locais mudaram-se para outras cidades e Corumbá passou a priorizar comercialmente a exploração mineral e as atividades rurais, como a agropecuária. A cidade iniciou atividades industriais na década de 1940, com a exploração das reservas de calcário – excelente para a indústria do cimento – e de outros minérios. No fim dos anos 1970, o turismo passou a ser explorado, revelando nova infraestrutura e viabilizando a restauração das construções históricas. Com o Pantanal ocupando 60% de seu território, Corumbá passou a ser chamada de capital do pantanal, constituindo-se o principal portal para o santuário ecológico.

Corumbá é conhecida como cidade branca, devido à cor clara de seu solo, rico em calcário.